BIOPUCES
Principe
Les biopuces ou puces à ADN (microarray) sont une biotechnologie encore en plein essor qui consiste en l'utilisation de lames de verre ou de nylon sur lesquelles sont fixés de manière covalente et ordonnée jusqu'à 1 million de séquences génétiques appelées sondes. La nature de ces sondes varie en fonction du type d'expérimentation réalisée, il peut ainsi s'agir d'oligonucléotides, d'ADN génomique ou encore d'ADNc.
Le fonctionnement des puces à ADN repose sur le même principe que des technologies telles que le Southern blot ou le northern blot, qui sont couramment utilisées pour détecter et quantifier la présence d’une séquence nucléique spécifique au sein d’un échantillon biologique complexe, par hybridation à une sonde de séquence complémentaire portant un marquage radioactif. Pour les microarrays, l’hybridation de la puce avec un échantillon biologique, marqué par un radioélément ou par une molécule fluorescente, permet de détecter et de quantifier l’ensemble des cibles qu’il contient en une seule et même expérience.
Les domaines d'application des puces à ADN sont multiples et variés et intéressent de nombreux secteurs tels que la recherche biologique (notamment en génomique fonctionnelle), la recherche pharmaceutique, le génotypage, le diagnostic, les contrôles agro-alimentaires et industriels etc...
Il est possible de classer les puces à ADN en plusieurs grandes catégories suivant le type de matériel génétique qui est analysé, on citera notamment :
Le fonctionnement des puces à ADN repose sur le même principe que des technologies telles que le Southern blot ou le northern blot, qui sont couramment utilisées pour détecter et quantifier la présence d’une séquence nucléique spécifique au sein d’un échantillon biologique complexe, par hybridation à une sonde de séquence complémentaire portant un marquage radioactif. Pour les microarrays, l’hybridation de la puce avec un échantillon biologique, marqué par un radioélément ou par une molécule fluorescente, permet de détecter et de quantifier l’ensemble des cibles qu’il contient en une seule et même expérience.
Les domaines d'application des puces à ADN sont multiples et variés et intéressent de nombreux secteurs tels que la recherche biologique (notamment en génomique fonctionnelle), la recherche pharmaceutique, le génotypage, le diagnostic, les contrôles agro-alimentaires et industriels etc...
Il est possible de classer les puces à ADN en plusieurs grandes catégories suivant le type de matériel génétique qui est analysé, on citera notamment :
- les puces à expression qui permettent de mesurer des différences d'expression génétique,
- les puces miRNA qui étudient le niveau d'expression différentiel d'ARN répresseurs,
- les puces dites CGH comparant le contenu génétique de différents génomes,
- les puces SNP qui permettent de détecter des polymorphismes nucléotiques simples,
- les puces ChIP on chip qui analysent les interactions protéines-ADN.
Equipement
L'IFR 125 est doté d'un équipement complet permettant la réalisation de microarrays depuis le marquage des échantillons à tester jusqu'à la lecture et l'analyse des résultats. Cet équipement comprend :
- une hotte dotée d'un filtre anti-ozone permettant de minimiser les risques de dégradation des fluorochromes (notamment la cyanine 5),
- un Bioanalyzer 2100 Agilent pour le contrôle de la qualité des ADNs et des ARNs à tester,
- un Nanodrop permettant de contrôler soit la quantité de matériel génétique initialement présent dans les échantillons soit l'efficacité de l'étape de marquage,
- plusieurs bains chauffants, secs ou humides, à température rigoureusement contrôlée,
- un incubateur Robbins Scientific équipé d'un rotor à vitesse réglable pour réaliser les étapes d'hybridation,
- un scanner Agilent (DNA microarray Scanner) mis à jour avec la version C permettant d'obtenir des images dont la résolution peut aller jusqu'à 2 μm,
- un ordinateur doté du logiciel Agilent Scan Control pour la gestion du scanner et du logiciel Feature Extraction (version 10.5.1.1) pour l'extraction des données brutes
- Une station informatique équipée du logiciel GeneSpring (version 11) permettant l'analyse des résultats.
Prestations
Pour chaque projet de recherche qui nous est soumis, nous réalisons une étude de coût et nous établissons un devis estimatif. Les tarifs proposés par l'IFR125 sont de ce fait calculés au cas par cas et peuvent varier d'un projet expérimental à un autre.
De manière générale il est possible de distinguer plusieurs grands types de prestations différentes :
Dans le cadre de la seconde prestation, les ingénieurs de la plate-forme se chargent d'hybrider le matériel génétique d'intérêt (marqué par l'utilisateur) sur les lames puis de laver et de scanner les microarrays.
Dans le cadre de la dernière prestation, les ingénieurs de la plate-forme se chargent de l'intégralité de la préparation des biopuces à partir des échantillons d'ADN ou d'ARN purifiés fournis par l'utilisateur.
De manière générale il est possible de distinguer plusieurs grands types de prestations différentes :
- L'utilisation du scanner seulement, pour la lecture d'une ou plusieurs lames,
- L'hybridation, les lavages et la lecture d'une ou plusieurs lames sur le scanner,
- Le contrôle initial des ARNs ou ADNs, le marquage, l'amplification, l'hybridation de ce matériel génétique, les lavages et la lecture des lames sur le scanner.
Dans le cadre de la seconde prestation, les ingénieurs de la plate-forme se chargent d'hybrider le matériel génétique d'intérêt (marqué par l'utilisateur) sur les lames puis de laver et de scanner les microarrays.
Dans le cadre de la dernière prestation, les ingénieurs de la plate-forme se chargent de l'intégralité de la préparation des biopuces à partir des échantillons d'ADN ou d'ARN purifiés fournis par l'utilisateur.
➔ Détail des tarifications